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雖然腦炎和腦膜炎只有一字之差，但其實二者還是有些本質的區別的，病因和病變部位不同，臨床表現癥狀也痛，就連治療方法也是不一樣的。

1.病因和病變部位不同：腦炎，多為病毒(其病毒的種類很多)感染，使腦實質組織受到損害后出現的病變;腦膜炎，多為細菌(可以是多種化膿性細菌)感染所致的腦膜部位的炎癥。不過，部分病毒性腦炎的病兒同時有腦膜的病理變化。

2.臨床表現不同：雖然腦炎和腦膜炎都是中樞神經系統感染的疾患，其臨床癥狀有一些相似之處(如發熱、頭痛、嘔吐、食欲不振、頸項強直、精神萎靡、嗜睡或昏迷、抽風等)。但是，腦實質組織受到損害的腦炎，多會出現定位癥狀，即身體某部位出現麻痹或癱瘓，病后留下的后遺癥也較多;而腦膜炎的病兒，則以腦膜癥狀為主，如前囟門飽滿、劇烈的頭痛、噴射性嘔吐、頸項發硬發挺等顱內壓力增高的表現。當腦炎合并有腦膜炎時，也會同時出現腦膜癥狀。

腦炎和腦膜炎除上述不同外，還有：

化驗檢查的結果不同：

(1)腦膜炎的血象升高顯著，腦炎的血象正常或升高。

(2)腦膜炎的血培養檢查常能培養出致病的細菌，腦炎則無。

(3)腦炎做病毒分離等病毒學檢查時，可查出致病的病毒，單純的腦膜炎則無。

(4)抽取腦脊液檢查時，腦膜炎的腦脊液壓力較高，外觀混濁或呈米湯樣，白細胞數很高，糖減少或正常，涂片和培養可查到致病細菌或真菌;腦炎的腦脊液壓力也增高，外觀清亮，白細胞數正常或略高，糖正常或減少，涂片和培養無細菌或真菌。

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